連云港師范高等專科學(xué)校于1999年7月籌備（連政發(fā)[1999]124號(hào)），1999年9月江蘇省人民政府同意（蘇政函[1999]98號(hào)），2000年3月經(jīng)國(guó)家教育部正式下文（教發(fā)[2000]62號(hào)）批準(zhǔn)，由原連云港教育學(xué)院、江蘇省連云港師范學(xué)校和江蘇省海州師范學(xué)校三校合并成立。2002年6月，連云港市經(jīng)濟(jì)管理干部學(xué)校并入連云港師范高等?？茖W(xué)校。學(xué)校承擔(dān)高等專科學(xué)歷教育和相關(guān)科學(xué)研究、繼續(xù)教育、專業(yè)培訓(xùn)、學(xué)術(shù)交流等任務(wù)。學(xué)校實(shí)行省、市共建，以市為主的辦學(xué)體制，業(yè)務(wù)上由江蘇省教育廳主管，干部由中共連云港市委組織部主管。